Ngược lại, nếu tỷ lệ cân bằng này bị phá vỡ, cụ thể là lượng lợi khuẩn giảm xuống, hại khuẩn khi đó sẽ có dịp sinh sôi nảy nở, gây nhiễm khuẩn đường ruột với những triệu chứng rất thường gặp ở trẻ em như đi ngoài phân lỏng, phân sống, có thể có lẫn chất nhầy hoặc một ít máu,